金木研失去记忆后成为CCG最强搜查官，而董香正带着残存的喰种躲在地下墓地。
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第二季开场，金木研被有马贵将重创后失去所有记忆，CCG对他进行洗脑训练，将其打造成史上最强半人类搜查官，代号“白鸽”。他完全不记得董香、四方、古董咖啡店，甚至不记得自己是喰种。与此同时，CCG发动“大扫除作战”，对东京地下所有喰种据点进行地毯式清剿。董香带着仅存的二十几个喰种躲进浅草寺地下的一处古代墓地。她怀了金木的孩子，孩子已经开始出现赫子反应。青桐树的残部与“小丑”组织联手，企图唤醒金木的记忆，让他回忆起“独眼之王”的使命。新角色登场：CCG新开发的“赫子拟态兵器”——让普通人类搜查官也能使用赫子。金木在一次任务中偶然闻到董香的血，头痛欲裂，白色头发开始渗黑。
第二季明显提高了制作预算，打斗场面流畅度和赫子特效远超前作。失忆梗虽老但使用克制，没有拖戏。对喰种社会生态和CCG内部腐败的双线描写加深了世界观。董香怀孕的设定让暴烈的故事多了一层柔软但致命的羁绊。
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